postbis
概览
| 扩展包名 | 版本 | 分类 | 许可证 | 语言 |
|---|---|---|---|---|
postbis | 1.0 | TYPE | PostgreSQL | C |
| ID | 扩展名 | Bin | Lib | Load | Create | Trust | Reloc | 模式 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3760 | postbis | 否 | 是 | 否 | 是 | 否 | 是 | - |
| 相关扩展 | rdkit vector pg_similarity smlar pg_trgm pgcontext vectorize imgsmlr |
|---|
The packaged repository is an untagged copy of PostBIS, inactive since 2019; Pigsty pins commit ce454ebf and patches PostgreSQL 14-18 compatibility plus alphabet output and indexed slice correctness.
版本
| 类型 | 仓库 | 版本 | PG 大版本 | 包名 | 依赖 |
|---|---|---|---|---|---|
| EXT | PIGSTY | 1.0 | 1817161514 | postbis | - |
| RPM | PIGSTY | 1.0 | 1817161514 | postbis_$v | - |
| DEB | PIGSTY | 1.0 | 1817161514 | postgresql-$v-postbis | - |
构建
您可以使用 pig build 命令构建 postbis 扩展的 RPM / DEB 包：
pig build pkg postbis # 构建 RPM / DEB 包
安装
您可以直接安装 postbis 扩展包的预置二进制包，首先确保 PGDG 和 PIGSTY 仓库已经添加并启用：
pig repo add pgsql -u # 添加仓库并更新缓存
使用 pig 或者是 apt/yum/dnf 安装扩展：
pig install postbis; # 当前活跃 PG 版本安装
pig ext install -y postbis -v 18 # PG 18
pig ext install -y postbis -v 17 # PG 17
pig ext install -y postbis -v 16 # PG 16
pig ext install -y postbis -v 15 # PG 15
pig ext install -y postbis -v 14 # PG 14
dnf install -y postbis_18 # PG 18
dnf install -y postbis_17 # PG 17
dnf install -y postbis_16 # PG 16
dnf install -y postbis_15 # PG 15
dnf install -y postbis_14 # PG 14
apt install -y postgresql-18-postbis # PG 18
apt install -y postgresql-17-postbis # PG 17
apt install -y postgresql-16-postbis # PG 16
apt install -y postgresql-15-postbis # PG 15
apt install -y postgresql-14-postbis # PG 14
创建扩展：
CREATE EXTENSION postbis;
用法
来源：
postbis 1.0 为 DNA、RNA、氨基酸及比对序列提供紧凑的原生数据类型，并提供可配置字母表与类型修饰符、类型转换、序列操作、生物学变换、比较操作符，以及 B-tree 和哈希操作符类。
存储强类型序列
CREATE EXTENSION postbis;
CREATE TABLE specimen (
specimen_id bigint GENERATED ALWAYS AS IDENTITY PRIMARY KEY,
dna dna_sequence(SHORT, FLC, CASE_SENSITIVE) NOT NULL,
rna rna_sequence(IUPAC, CASE_SENSITIVE),
protein aa_sequence(IUPAC, CASE_SENSITIVE)
);
INSERT INTO specimen (dna, rna, protein)
VALUES ('AACCGGTT', 'AACGUU', 'ACDEFG');
SELECT specimen_id,
char_length(dna) AS bases,
substr(dna, 3, 4)::text AS fragment
FROM specimen;
输入验证取决于所选字母表、大小写敏感性和类型修饰符。应验证转换能拒绝所需生物学约定之外的符号，并避免意外混用对齐与未对齐类型。
变换与翻译序列
SELECT complement('ACGTN'::dna_sequence)::text;
-- TGCAN
SELECT reverse_complement('ACGTN'::dna_sequence)::text;
-- NACGT
SELECT transcribe('AACGTT'::dna_sequence)::text;
-- AACGUU
SELECT translate('AUGGCCUAA'::rna_sequence)::text;
-- MA
扩展还提供 reverse_transcribe()、six_frame()、get_alphabet()、entropy()、gc_content() 和序列生成函数。标准遗传密码不适用时，翻译函数可以接收显式翻译表。
检查压缩并添加索引
SELECT char_length(sequence) AS symbols,
octet_length(sequence) AS storage_bytes,
compression_ratio(sequence) AS storage_ratio
FROM (
SELECT repeat('ACGT', 256)::dna_sequence AS sequence
) AS sample;
CREATE INDEX specimen_dna_btree ON specimen USING btree (dna);
CREATE INDEX specimen_dna_hash ON specimen USING hash (dna);
这些序列类型支持等值、排序、拼接、子串、搜索和长度函数。在生产负载中依赖索引之前，应使用真实数据分布检查执行计划。
打包与持久性风险
Pigsty 应用下游兼容补丁，将 PostBIS 1.0 打包到 PostgreSQL 14–18。这一打包结果并不改变上游生命周期：项目已经停止维护，也没有 1.0 以后的扩展升级路径。
自定义类型使用原生压缩磁盘表示。应把已存储值和索引视为绑定到经过测试的准确构建。采用或迁移前，必须验证转储恢复、二进制和逻辑升级、复制、驱动解码、索引重建、错误输入处理和大型序列内存行为。
reverse()、char_length() 和 substr() 等函数重载了常见名称，因此模式限定和受控 search_path 设置很重要。对新的持久数据集，除非已经在本地审计、打包该扩展并指定明确的长期迁移负责人，否则应优先使用受维护的序列工具或普通 PostgreSQL 类型。